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　　曾經(jīng)，來自海洋的神秘?cái)橙恕叭伞毕蛉祟惏l(fā)起了猛烈的進(jìn)攻，“碧藍(lán)航線”的少女們憑借著她們鋼鐵般的意志與敵人奮勇作戰(zhàn)，最終擊敗了對(duì)手，守護(hù)了人類。然而，隨著時(shí)間的流逝，碧藍(lán)航線內(nèi)部因?yàn)槔砟畹牟町愔饾u產(chǎn)生分化，衍生出了名為“赤色中軸”大的對(duì)立陣營。                                    
                               　　被稱為“灰色的幽靈”的最強(qiáng)英雄企業(yè)（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但關(guān)鍵時(shí)刻意外的頂用的拉菲（長繩麻理亞 配音）、雖然年紀(jì)不大但成熟體貼的大黃蜂（山本希望 配音），個(gè)性好強(qiáng)但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面對(duì)動(dòng)蕩的時(shí)局，當(dāng)這些少女們?cè)僖淮伪煌粕蠎?zhàn)場，會(huì)發(fā)生怎樣的故事呢？