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　　14年前，初號(hào)機(jī)疑似神化第一形態(tài)的覺(jué)醒帶來(lái)近三沖擊，使世界發(fā)生前所未有的巨變。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宮村優(yōu)子 配音）和真里（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛(wèi)星軌道上的初號(hào)機(jī)和碇真嗣（緒方惠美 配音），但絕對(duì)禁止真嗣登上初號(hào)機(jī)。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號(hào)機(jī)，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這里，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那里得知自己將和美少年渚薰（石田彰 配音）共同駕駛十三號(hào)機(jī)。長(zhǎng)達(dá)14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開(kāi)了種種難以置信的真相……
　　本片為EVA新劇場(chǎng)版四部曲的第三部。